اندیشه ورزی یکی از ارکان لاینفک حیات آدمی است. انسان بدون عقل راهی جز مرگ نمی تواند در پیش بگیرد. پیراستگی اندیشه از جهل، خرافه و قید و بندهای غیر صحیح مانع از پرواز عقل است. در آیات و روایاتی به اهمیت و جایگاه عقل پرداخته شده است از جمله کتاب العقل و الجهل از الکافی صص10 تا 30.

زمینه سازی گسترش علم و دانایی و آزاد اندیشی وظیفه حاکمیت کشورهاست. مقام معظم رهبری  تولید علم در کنار عدالت خواهی و آزادی خواهی را از آرمانهای مهم جامعه دانشگاهی میداند. از نگاه ایشان بحث های مهم تخصصی در زمینه های سیاسی، اجتماعی، فکری و مذهبی در محیط های سالم بین صاحبان توان و قدرت باید مطرح شود که ضایعات آن نسبت به طرح این مباحث در مجامع عمومی کمتر است. در قسمتی دیگر ایشان فرمودند: باید فضایی را فراهم آورد تا کسی احساس نکند که برای طرح مباحث خود فضای مناسبی ندارد. باید شرایطی را فراهم کنیم که دانشجو و طلبه ما پیش از خارج شدن از این مراکز به بلوغ سیاسی، اعتقادی و اجتماعی رسیده و قدرت تجزیه و تحلیل مسائل را داشته باشد. کرسی ها در داراز مدت می توانند فضا را منطقی کرده و عرصه را برجوزدگی و جوسازی ببندند.

ایجاد نشاط علمی و پویایی فکری در سطح حوزه های علمیه با طراحی دقیق نظام آموزش و پژوهش ارتباط مستقیم دارد.

الگوهای برگزاری کرسیهای آزاداندیشی حوزه های علمیه در  قالبهای علمی و دو جانبه، علمی و چند جانبه، طلاب، طلبه و استاد، استاد و طلبه، نقد و نظر است.

در حوزه های خواهران الگوی طلبه- استاد کاربرد بیشتری دارد. بدین شکل که دو گروه از طلاب صاحب نظر پیرامون موضوع چالشی پیرامون به ارائه دیدگاههای خود پرداخته و در نهایت استاد داور با تکمیل مباحث به جمع بندی موضوع چالشی می پردازد. طلاب شرکت کننده با حسن دقت به مطالب ارائه شده به نظر جامعی در آن موضوع خاص دست می یابند.